发布时间:2016-09-22 10: 23: 19
ChemBio3D是为化学家及生物学家设计的一款出色的桌面版分子模拟软件,也是ChemOffice核心插件之一,本文将详细介绍ChemBio3D的三项卓越功能,包括2D和3D对比显示、覆盖结构以及分子表面三个方向。
1、2D-3D结构对比显示:ChemBio3D可以轻松实现分子结构2D—>3D的转换。该项功能体现如下,在ChemBioDraw中显示Chem3D面板、从PDB导入蛋白质库查看3D结构、在ChemBio3D中显示ChemDraw面板、在幻灯片模式下使用Chem3D动态显示窗口、将Chem3D动态窗口粘贴到Powerpoint中,让演示及学术报告中更加直观生动,操作方法是选择ChemBio3D中的一个化合物,然后Edit -> Copy As -> Embedded Object Paste in PowerPoint即可。
2、结构覆盖:ChemBio3D的结构覆盖功能可以进行相似结构分子的对比,尤其在药物化学领域,对于分子的活性分析,药效团寻找能够提供直观的证据。这里以下图中的案例进行分析:whether LSD is more serotonergic or dopaminergic。图A: LSD, Dopamine及Serotonin模型,图B:LSD及Dopamine进行结构覆盖,图C:LSD及Serotonin进行结构覆盖,得到结论:LSD is a much better agonist for serotonin than for dopamine。
3、分子表面:ChemBio3D可以快速,准确的计算出化合物的分子表面。并提供多种方式显示分子表面。在新版本中,影虎可进行更多的参数设定,比如探针半径、掩藏或显示溶剂分子、反射率半分比、表面透明性、分子上被选择部分的分子表面在特定的距离间是否被限制等。
以上就是对ChemBio3D插件三项特色卓越功能的介绍,这些功能使得ChemOffice成为无可替代的分子模拟软件,如果想学习关于分子表面和机构覆盖相关教程请点击 如何更改Chem 3D模型的参数值。
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